Jean Marçais est lauréat du 1er Prix de la Fondation Rennes 1 du secteur de recherche Sciences de la Matière. Les prix de thèse Fondation Rennes 1 "Progresser, Innover, Entreprendre" récompensent les thèses pour leur caractère innovant.
La Fondation Rennes 1 « Progresser, Innover, Entreprendre », dont l’objet est de renforcer les relations entre l’Université de Rennes 1 et les entreprises pour favoriser l’innovation et le développement socio-économique, a remis le 26 avril 2019, pour la septième édition, ses prix de thèse. Les candidatures étaient ouvertes aux docteurs inscrits à Rennes 1 ayant soutenu leur thèse en 2018. Les prix de thèse sont décernés aux travaux présentant les plus forts potentiels d’innovation et/ou de transfert de technologie. L’acception du concept d’innovation porte sur l’innovation organisationnelle, sociale, managériale, industrielle et technologique… Les potentialités d’exploitation industrielle ou commerciale sont également mises en avant. Le jury est composé d’universitaires et de responsables d’entreprises.
Jean Marçais a soutenu sa thèse intitulée "Variabilité des temps de résidence de l'eau et des débits dans les rivières et les nappes phréatiques : implications sur la qualité de l'eau" le 25 septembre 2018 (encadrée par Jean-Raynald de Dreuzy et Gilles Pinay),
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